O portátil traz uma grande inovação, imagens 3D sem o uso de óculos especiais . São duas telas como já é conhecido no DS, mas a grande novidade está na tela superior que é de 3,53 polegadas e oferece efeito tridimensional, gerando uma sensação de profundidade semelhante a que é vista nos cinemas, já a tela inferior tem 3,2 polegadas e é sensível ao toque.
Outra novidade é o controle analógico que melhora a jogabilidade em alguns gêneros de jogos, e com o acelerômetro e o giroscópio que foram adicionados você poderá jogar utilizando movimentos. O portátil é multitarefa, então você poderá pausar o jogo e usar as outras funções disponíveis tranquilamente sem atrapalhar a jogatina, e tudo isso com os menus em português .
O efeito 3D pode ser diminuído ou desativado de acordo com o gosto do usuário. Mesmo sem utilizar o 3D o console oferece um grande avanço, pois terá gráficos semelhantes ao Game Cube. Com a funcionalidade StreetPass será possível compartilhar dados com outros aparelhos 3DS. E com o Spotpass é possível receber material multimídia por meio de conectividade Wi-Fi.